A legfőbb ellenőrző intézmények nemzetközi együttműködésének egyik kiemelt jelentőségű területe a nemzetközi kooperatív ellenőrzések lefolytatása. A kettő vagy több számvevőszék közreműködése mellett megvalósuló ellenőrzések jellemzően határon túlnyúló közös projektek értékelésére, regionális jelenségek vizsgálatára, korunk meghatározó kihívásainak kezelésére irányulnak, melyek közös, egyre gyakrabban globális szintű fellépést igényelnek. Ilyen témák a regionális, illetve az Európai Unió támogatása mellett az országok közös finanszírozásával megvalósuló infrastrukturális beruházások, gazdasági és társadalmi felzárkóztatási kezdeményezések, kulturális programok, de ide tartoznak az olyan stratégiai jelentőségű, kontinenseken és kultúrákon átívelő területek is, mint a fenntartható fejlődési célok előrehaladásának, a járványügyi intézkedések hatékonyságának, a klímavédelem és környezetgazdálkodás, továbbá a természetes vizek kezelésének érdekében hozott intézkedések eredményességének értékelése is.
A nemzetközi kooperatív ellenőrzéseknek három típusa létezik, a közös, a párhuzamos és a koordinált ellenőrzés. A közös ellenőrzés esetén a résztvevő országok számvevőszékei által felállított közös munkacsoport végzi a kiválasztott terület ellenőrzését, melynek eredményeiről közös jelentés készül. A párhuzamos ellenőrzés során a kiválasztott terület országonkénti párhuzamos ellenőrzése valósul meg ugyanazon módszertan alapján, de intézményenként elkülönülő, önállóan működő ellenőri munkacsoportok által és az ellenőrzési eredményekről is külön-külön jelentés készül. A koordinált ellenőrzés egy hibrid típus, melynek keretében vagy közös ellenőrzés valósul meg, de különálló jelentések készítése mellett, vagy párhuzamos ellenőrzésre kerül sor, melynek eredményei a nemzeti jelentések mellett egy közös jelentésben is bemutatásra kerülnek.
Nemzetközi kooperatív ellenőrzések az elmúlt két évtizedből
A Mária Valéria híd beruházás ellenőrzése (Szlovákia – Magyarország, koordinált)
A Zalalövő-Bajánsenye-Hodoš-Murska Sobota vasútvonal építésének ellenőrzése (Szlovénia Magyarország, koordinált)
A Fertő tó természetvédelmének ellenőrzése (Ausztria – Magyarország, koordinált)
A Felső-Tisza-vidék árvízvédelmi felkészültségének ellenőrzése (Ukrajna – Magyarország, koordinált)
A Lötschbergi Bázisalagút és a Szekszárdi Duna-híd párhuzamos ellenőrzése (Svájc – Magyarország, koordinált)
A magyar-szlovén-osztrák határmenti térség környezeti ellenőrzése (Szlovénia – Ausztria – Magyarország, koordinált)
A levegőminőség párhuzamos ellenőrzése (Európai Számvevőszék – Albánia – Bulgária – Észtország – Grúzia – Magyarország – Izrael – Koszovó – Moldova – Lengyelország – Románia – Szlovákia – Spanyolország – Svájc – Észak-Macedónia – Hollandia, koordinált)
A műanyag hulladék kezelésének ellenőrzése (Albánia – Bulgária – Észak-Macedónia, Magyarország – Málta – Moldova – Lengyelország – Románia – Portugália – Szerbia – Szlovákia – Törökország, koordinált)
A lakosság védelme a fertőző betegségekkel szemben (Fehéroroszország – Lengyelország – Magyarország – Szlovákia, koordinált)
A szegénységi küszöb alatt élők felemelésére tett intézkedések (Bulgária – Horvátország – Lettország, – Magyarország, koordinált)